Ведется в Центре как в рамках кружковых объединений по авторским программам дополнительного образования, так и в форме дистанционного обучения. С 1993 года существует областная очно-заочная Школа Природы, которая направлена на развитие исследовательской деятельности школьников в условиях сельской школы.
Проводится обучение детей по программам туристического многоборья, в течение года проводится цикл различных соревнований, слетов и лагерей по технике пешеходного туризма, спортивному ориентированию, «Школе безопасности».
Ежегодно учащиеся Центра принимают участие в различных областных и всероссийских конкурсах и конференциях: Олимпиада по экологии, Областной конкурс «Юные исследователи природы и истории родного края», Смотр-конкурс школьных музеев, Конкурс по спортивному ориентированию, Конкурс водных проектов, Чтения им. Вернадского, Сахаровские чтения, форум «Зеленая планета» .
Центра направлена на: обеспечение необходимых научно-методических, организующих, кадровых и информационных условий для создания и развития непрерывного экологического образования в образовательных учреждениях всех типов, видов и уровней образования, координацию деятельности Центра, образовательных и природоохранных учреждений в сфере экологического образования и просвещения населения Калининградской области. Постоянно в течение учебного года проводятся семинары и курсы повышения квалификации для учителей общеобразовательных учреждений города и области по направлениям работы Центра.
В 1995 – 1999 гг. Центр участвовал в международном проекте «The Baltic Sea Project». В 1996-2002 гг. развивается международное сотрудничество в сфере экологического образования школьников с Центром природы и окружающей среды «Esrum Mollegard» (Дания). В рамках проекта реализуются программы по проблемам воды, отходов, энергии, сельского хозяйства, здоровья человека и др.
В 2006 – 2008 гг. – участие в международном проекте «Образование для перемен», в феврале 2008 г. проводился российско-немецкий семинар по школьному экологическому воспитанию и просвещению в Калининградской области при поддержке немецкого экологического фонда DBU.
При поддержке со стороны Коалиции Чистой Балтики (Coalition Clean Baltic) и Проекта по Балтийскому морю также идет реализация программы «Хранители Природы».
В 2008-2009 гг. осущетсвляется сотрудничество с Европейским институтом им. Клауса Менерта Калининградского государственного технического университета. При поддержке Немецкого экологического фонда DBU состоялись международные семинары и встречи, на которых обсуждались вопросы экологического образования.
C 2009 года реализуется проект "Учебные ландшафты для устойчивого развития" при поддержке фонда DBU. Ежегодно калининградские школьники посещают лесничества и лесные школы окружающей среды в Германии, педагоги участвуют в семинарах по обмену опытом.
С 2013 года начата реализация проекта Трансграничного партнерства Литва-Польша-Россия по проведению международных экологических лагерей.